La ciudad de Panamá se convirtió en el punto de partida para la exploración y conquista del Perú y ruta de tránsito para los cargamentos de oro y riquezas provenientes de todo el litoral pacífico del continente americano que se enviaban a España. En 1671 la ciudad es atacada por las fuerzas del pirata inglés Henry Morgan con intenciones de saquear la ciudad. Por medidas de seguridad, de la población y los bienes, el Capitán General de Tierra Firme, Don Juan Pérez de Guzmán ordena evacuar la ciudad y volar los depósitos de pólvora provocando un gigantesco incendio que destruyó totalmente la ciudad. Las ruinas de la antigua ciudad todavía se mantienen incluyendo la torre de su catedral y son una atracción turística conocida como el conjunto monumental histórico de Panamá la Vieja, reconocida como patrimonio de la humanidad. La ciudad de Panamá fue reconstruida en 1673 en una nueva localización a 2 km al oeste-suroeste de la ciudad original a las faldas del cerro Ancón, conocida actualmente como el Casco Viejo de la ciudad.
En 1821, luego de la independencia de Panamá de España y su unión voluntaria a la Gran Colombia de Simón Bolívar, la ciudad de Panamá pasa de Capital de Castilla del Oro y el Ducado de Veraguas, a ser la capital del Departamento del Istmo. La unión a Colombia se llevó a cabo con intenciones autónomas que Colombia nunca aceptó. En 1830, 1831 y 1832, Panamá se intentó separar de Colombia, pero la insistencia del Libertador primero, y la razón de las armas luego, reunificaron los territorios. Dentro de las 6 guerras civiles habidas en Colombia durante el Siglo XIX, la ocurrida a mediados de siglo ocasiona la separación de Panamá en 1840, adoptando el nombre de Estado del Istmo, por un año.
